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ListRecords (7 records )
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Protéines à motif tripartite (TRIM) chez le porc (Sus scrofa) et réplication du rétrovirus endogène porcin |
dc:title
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Tripartite motif proteins (TRIM) in pig (Sus scrofa) and porcine endogenous retrovirus replication |
dc:subject
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Immunité intrinsèque |
dc:subject
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restriction virale |
dc:subject
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rétrovirus endogène porcin |
dc:subject
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protéines à motif tripartite |
dc:subject
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cycle infectieux |
dc:subject
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Intrinsic immunity |
dc:subject
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viral restriction |
dc:subject
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porcine endogenous retrovirus |
dc:subject
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tripartite motif protein |
dc:subject
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infectious cycle |
dc:description
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Les études des interactions entre cellules hôtes et rétrovirus ont conduit à définir le concept de restriction virale dont les facteurs constituent une part de l'immunité innée des cellules hôtes. Ces facteurs contribuent au contrôle des rétrovirus endogènes (ERV) dont l'émergence peut être associée à certaines pathologies telles que des leucémies ou des immunodéficiences. Chez le porc, certains ERV (PERV) sont réplicatifs, pourtant aucune pathologie ne leur a, à ce jour, été associée. Les mécanismes de restriction virale impliqués dans ce phénomène ont fait l'objet de nombreuses études. Elles n'ont cependant concerné que certains facteurs. Les protéines porcines à motif tripartite (poTRIM) n'ont ainsi fait l'objet que de peu d'études. Pourtant, de nombreux membres de cette famille participent à la restriction virale chez d'autres organismes que le porc. La présente étude s'intéresse par conséquent aux orthologues porcins de ces protéines et à leur relation avec les PERV. L'élaboration d'une stratégie d'expression de ces protéines dans un modèle humain, sensible à l'infection par le PERV nous a permis d'évaluer et de caractériser les effets des TRIM sur le cycle infectieux du PERV. Cette stratégie a mis en évidence une activité de restriction par TRIM8 tandis que TRIM44 semble au contraire agir en faveur de la réplication virale. En ce qui concerne poTRIM11, elle favorise l'entrée du PERV tout en inhibant son expression. L'étude a également confirmé l'insensibilité du PERV vis-à-vis de poTRIM5α. L'ensemble de ces résultats contribuent à la compréhension de la relation entre la réplication des PERV et le contrôle mené par son hôte. |
dc:description
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From studies of pathogens and their host interaction has emerged the concept of viral restriction considered to be part of an innate immune system. These factors contribute to the control of endogenous retroviruses (ERV) whose emergence may be associated with several diseases such as leukemia or immunodeficiency. Three subgroups of the porcine ERV-γ-1 group (PERV) are replicative. Nevertheless, these PERVs are not associated with any pathology in the pig. Several studies have been performed on viral restriction mechanism capabilities of the pig but these covered a very limited number of restriction factors. Regarding the porcine tripartite motif-containing (poTRIM) proteins, knowledge is weak although several members of this family have proved to be implicated in the viral restriction of other species. The purpose of this study is to investigate the relationship between these orthologous poTRIMs proteins and replicating PERVs. In order to explore this potential interaction, a TRIM protein expressing model in human cells, known to be sensitive to the PERV infection, has been developed. It has enabled us to assess and characterize potential TRIMs effects on the PERV infection cycle. We equally identified poTRIM8 as a restriction factor. Conversely, poTRIM44 seems to act as an enhancer of the PERV infection, while, TRIM11 displayed ambiguous effects including an enhancer effect of the early infectious stages and an inhibitor activity of the late infectious stages. In this study, we also confirmed the PERV insensitivity to the porcine TRIM5α protein. Finally, this work aims at contributing to the understanding of the relationship between PERV replication and their control leading by the host cells. |
dc:type
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Electronic Thesis or Dissertation |
dc:type
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Text |
dc:language
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fr |
dc:identifier
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http://ecm.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversions/0e1852b6-46e9-4763-8f56-feb056ce7ad7
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dc:creator
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Demange, Antonin |
dc:date
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2013-12-19 |
dc:contributor
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Université de Rennes 1 |
dc:contributor
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Jestin, André |
dc:contributor
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Blanchard, Yannick |
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dc:title
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La gestion des effluents d’élevage et la production d’hydrogène sulfuré, cas particulier de la méthanisation |
dc:title
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Manure management and hydrogen sulfide production, special case study of farm anaerobic digestion |
dc:subject
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Hydrogène sulfuré |
dc:subject
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Lisier de porcs |
dc:subject
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Méthanisation agricole |
dc:subject
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Stockage anaérobie |
dc:subject
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Sulfato-réduction |
dc:subject
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Sulfates |
dc:subject
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Algues vertes |
dc:subject
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Biogaz |
dc:subject
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Anaerobic digestion |
dc:subject
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Feedstock |
dc:subject
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Sulphur |
dc:subject
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Hydrogen sulphide |
dc:subject
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Biogas |
dc:description
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La première partie de ce travail de thèse s’est intéressée à l’impact des régimes alimentaires des porcs sur la quantité de soufre présente dans les déjections. La charge en soufre apportée par chacun des ingrédients qui composent la formulation a été analysée. La rétention et l’excrétion du soufre ingéré par les animaux (porcs) ont été évaluées par une étude in-vivo. Le soufre absorbé par les animaux est faiblement retenu, au-delà des besoins nutritionnels, il est excrété principalement sous la forme de sulfates, par la voie urinaire. La dynamique des sulfates dans le lisier a été évaluée par une simulation de stockage anaérobie, ils sont consommés et transformé en sulfure d’hydrogène, lequel est, soit transféré vers la phase gazeuse, soit stocké dans la phase liquide. La principale voie de production étant la réduction dissimilatrice des sulfates. La deuxième partie de ce travail de thèse est consacrée au devenir du soufre dans les unités de méthanisation agricoles où la production d’hydrogène sulfuré est sous la dépendance des mélanges de co-substrats digérés. Un inventaire des différents substrats utilisables par les unités de méthanisation à la ferme a donc été réalisé. Les teneurs en soufre total ainsi que les potentiels méthanogènes pour chacun de ces substrats ont été déterminés et un potentiel sulfurogène (concentration maximale d’hydrogène sulfuré du biogaz pour un substrat donné) a été défini. Grâce à ces données, un ratio C/S a pu être défini, lequel a permis de classer les différents substrats quant à leur potentialité à produire de l’hydrogène sulfuré. Les algues vertes d’échouage, substrat à faible ratio C/S, ont été testées sur des pilotes de digestion anaérobie en co-digestion avec des lisiers de porcs. Pour ces algues, le faible potentiel de production de biogaz couplé aux fortes teneurs en hydrogène sulfuré du biogaz mesuré avec nos essais limite fortement l'intérêt de leur utilisation dans les filières de méthanisation à la ferme. |
dc:description
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The first part of this thesis focused on the impact of sulphur content in pig diets on the amount of sulphur present in the excretion. The sulphur content of each ingredient potentially used in diet formulation was analyzed. Retention and excretion of sulphur ingested by animals (pigs) were evaluated by an in-vivo study. Sulphur absorbed by the animals is poorly retained, beyond the nutritional need; it is excreted primarily in the form of sulphates in urine. The dynamics of sulphate in the slurry was evaluated by a simulation of anaerobic storage, they are consumed and converted to hydrogen sulphide, which is either transferred to the gas phase, or stored in the liquid phase. The major route of production is the dissimilatory reduction of sulphates. The second part of this thesis is devoted to the fate of sulphur in the biogas plant where the agricultural production of hydrogen sulphide is dependent mixtures of co-substrates digested. An inventory of the different substrates used by the biogas plant at the farm has been achieved. The total sulphur contents and the methanogenic potential for each of these substrates have been determined and sulphidogenic potential was defined (maximum concentration of hydrogen sulphide from biogas for a given substrate). With this dataset, a ratio C / S has been defined, which allowed to classify the different substrates for their potential to produce hydrogen sulphide. Green algae stranding on beaches, low substrate P / S, were tested on pilot anaerobic digester in co-digestion with pig manure. For green algae, the low potential for biogas production coupled with high levels of hydrogen sulphide from biogas measured with our test greatly limits the value of their use in agricultural anaerobic digestion. |
dc:type
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Electronic Thesis or Dissertation |
dc:type
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Text |
dc:language
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fr |
dc:identifier
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https://ecm.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversions/24c600eb-5103-4980-9353-36fcb3944dc1
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dc:creator
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Peu, Pascal |
dc:date
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2011-09-12 |
dc:contributor
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Universite de Rennes 1 |
dc:contributor
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Université européenne de Bretagne |
dc:contributor
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Dabert, Patrick |
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dc:title
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Mécanismes comportementaux et neurobiologiques de l'établissement des préférences et aversions alimentaires chez le porc : applications en nutrition et santé animale et humaine |
dc:title
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Behavioural and neurobiological mechanisms underlying the establishment of food preferences and aversions in pigs : applications in animal and human health and nutrition |
dc:subject
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porc |
dc:subject
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conditionnement pavlovien |
dc:subject
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calories |
dc:subject
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saccharose |
dc:subject
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circuit de la récompense |
dc:subject
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pigs |
dc:subject
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pavlovian conditioning |
dc:subject
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calories |
dc:subject
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sucrose |
dc:subject
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reward circuit |
dc:description
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L'étude des mécanismes comportementaux et cérébraux sous-tendant la modulation hédonique de la prise alimentaire chez le porc juvénile présente d'importants enjeux en termes d'applications en production porcine et en recherche biomédicale. L'objectif de cette thèse était de décrire ces déterminants par le biais du développement d'un modèle porcin des préférences et aversions alimentaires conditionnées, en utilisant des méthodes comportementales et des techniques d'imagerie cérébrale fonctionnelle. Sur le plan comportemental, nous avons validé un modèle porcin de l'aversion alimentaire conditionnée, obtenue via des injections duodénales de chlorure de lithium et caractérisée par une modification drastique des choix alimentaires. Nos résultats suggèrent également que les préférences alimentaires sont plus difficiles à induire que les aversions, et qu'un renforcement calorique et sucré, comme le saccharose, représente un stimulus efficace pour l'induction d'une préférence chez le porc. Sur le plan neurobiologique, l'exposition à des flaveurs alimentaires aux valeurs hédoniques contrastées et la perception combinée de saccharose aux niveaux oral et viscéral ont engendré des différences d'activation dans les circuits neuronaux impliqués chez l'Homme et les rongeurs, dans l'évaluation hédonique des stimuli sensoriels, la motivation, le traitement de la récompense (amygdale, cortex préfrontal, noyaux de la base) et la mémoire (hippocampe, cortex parahippocampique). Des études complémentaires sont nécessaires pour déterminer dans quelle mesure des facteurs de variation liés à l'animal ou aux paradigmes expérimentaux ont pu influencer l'expression des conditionnements. |
dc:description
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The study of the behavioural and neurobiological mechanisms underlying the hedonic modulation of food intake in juvenile pigs has interesting opportunities of applications in the fields of pig husbandry and biomedical research. Our aim was to describe these determinants through the development of a pig model of conditioned food preferences and aversions, using behavioural conditioning methods and functional brain imaging techniques. On the behavioural side, we managed to develop a pig model of conditioned food aversion induced by duodenal injections of lithium chloride, and characterised by strong and robust changes of food choices. Our findings also suggest that food preferences are more difficult to condition than aversions, and that a sweet and caloric reinforcement, such as sucrose, is an efficient stimulus for food preference conditioning in pigs. Using brain imaging techniques, we managed to highlight specific patterns of brain activation following exposure to food-related stimuli. Both exposure to food flavours with contrasted hedonic values and combined oral and duodenal sucrose sensing triggered differential activation in brain networks known in humans and rodents, to be involved in the recognition and hedonic evaluation of sensorial stimuli, motivation, reward processes (amygdala, prefrontal cortex, basal nuclei), and memory (hippocampus, parahippocampal cortex). Further studies, however, are needed to investigate to what extent some factors of variation relating to the animals or to the experimental paradigms may have influenced expression of the conditioning. |
dc:type
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Electronic Thesis or Dissertation |
dc:type
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Text |
dc:language
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fr |
dc:language
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en |
dc:identifier
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https://ecm.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversions/e475a607-4ae1-495f-84de-d6e7de86af9e
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dc:creator
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Clouard, Caroline |
dc:date
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2012-11-23 |
dc:contributor
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Universite de Rennes 1 |
dc:contributor
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Université européenne de Bretagne |
dc:contributor
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Meunier-Salaün, Marie-Christine |
dc:contributor
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Val-Laillet, David |
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dc:title
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Analyse multidimensionnelle interactive de résultats de simulation : aide à la décision dans le domaine de l'agroécologie |
dc:title
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Interactive multidimensional analysis of simulation results : decision support in the agroecology field |
dc:subject
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Décision multicritère |
dc:subject
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Entrepôts de données |
dc:subject
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OLAP (Informatique) |
dc:subject
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Systèmes d'aide à la décision |
dc:subject
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Écologie agricole |
dc:subject
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Multicriteria decision making |
dc:subject
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Data warehouses |
dc:subject
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OLAP technology |
dc:subject
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Decision support systems |
dc:subject
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Agricultural ecology |
dc:description
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Dans cette thèse, nous nous sommes intéressés à l'analyse des données de simulation issues du modèle agro-hydrologique TNT. Les objectifs consistaient à élaborer des méthodes d'analyse des résultats de simulation qui replacent l'utilisateur au coeur du processus décisionnel, et qui permettent d'analyser et d'interpréter de gros volumes de données de manière efficace. La démarche développée consiste à utiliser des méthodes d'analyse multidimensionnelle interactive. Tout d'abord, nous avons proposé une méthode d'archivage des résultats de simulation dans une base de données décisionnelle (i.e. entrepôt de données), adaptée au caractère spatio-temporel des données de simulation produites. Ensuite, nous avons suggéré d'analyser ces données de simulations avec des méthodes d'analyse en ligne (OLAP) afin de fournir aux acteurs des informations stratégiques pour améliorer le processus d'aide à la prise de décision. Enfin, nous avons proposé deux méthodes d'extraction de skyline dans le contexte des entrepôts de données afin de permettre aux acteurs de formuler de nouvelles questions en combinant des critères environnementaux contradictoires, et de trouver les solutions compromis associées à leurs attentes, puis d'exploiter les préférences des acteurs pour détecter et faire ressortir les données susceptibles de les intéresser. La première méthode EC2Sky, permet un calcul incrémental et efficace des skyline en présence de préférences utilisateurs dynamiques, et ce malgré de gros volumes de données. La deuxième méthode HSky, étend la recherche des points skyline aux dimensions hiérarchiques. Elle permet aux utilisateurs de naviguer le long des axes des dimensions hiérarchiques (i.e. spécialisation / généralisation) tout en assurant un calcul en ligne des points skyline correspondants. Ces contributions ont été motivées et expérimentées par l'application de gestion des pratiques agricoles pour l'amélioration de la qualité des eaux des bassins versants agricoles, et nous avons proposé un couplage entre le modèle d'entrepôt de données agro-hydrologiques construit et les méthodes d'extraction de skyline proposées. |
dc:description
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This thesis concerns the analysis of simulation data generated by the agrohydrological model TNT. Our objective is to develop analytical methods for massive simulation results. We want to place the user at the heart of the decision-making process, while letting him handle and analyze large amounts of data in a very efficient way. Our first contribution is an original approach N-Catch, relying on interactive multidimensional analysis methods for archiving simulation results in a decisional database (i.e. data warehouse) adapted to the spatio-temporal nature of the simulation data. In addition, we suggest to analyze the simulation data with online analytical methods (OLAP) to provide strategic information for stakeholders to improve the decision making process. Our second contribution concern two methods for computing skyline queries in the context of data warehouses. These methods enable stakeholders to formulate new questions by combining conflicting environmental criteria, to find compromise solutions associated with their expectations, and to exploit the stakeholder preferences to identify and highlight the data of potential interest. The first method EC2Sky, focuses on how to answer efficiently and progressively skyline queries in the presence of several dynamic user preferences despite of large volume of data. The second method HSky, extends the skyline computation to hierarchical dimensions. It allows the user to navigate along the dimensions hierarchies (i.e. specialize / generalize) while ensuring the online computation of associated skylines. Finally, we present the application of our proposals for managing agricultural practices to improve water quality in agricultural watersheds. We propose a coupling between the agro-hydrological data warehouse model N-Catch and the proposed skyline computation methods. |
dc:type
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Electronic Thesis or Dissertation |
dc:type
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Text |
dc:language
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fr |
dc:identifier
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https://ecm.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversions/e5494843-b529-40ec-8bfa-7922d9f545cc
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dc:creator
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Bouadi, Tassadit |
dc:date
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2013-11-28 |
dc:contributor
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Universite de Rennes 1 |
dc:contributor
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Cordier, Marie-Odile |
dc:contributor
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Gascuel-Odoux, Chantal |
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dc:title
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Hétérogénéité des pratiques agricoles biologiques et conventionnelles dans les paysages bretons : effets sur les communautés d'insectes auxiliaires à différentes échelles |
dc:title
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Heterogeneity of organic and conventional farming practices in agricultural landscapes in Brittany : effects on natural enemy communities at different scales |
dc:subject
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pratiques agricoles |
dc:subject
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contrôle biologique |
dc:subject
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agro-écosystèmes |
dc:subject
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coccinelles |
dc:subject
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carabes |
dc:subject
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parasitoïdes |
dc:subject
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farming practices |
dc:subject
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biological control |
dc:subject
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agro-ecosystems |
dc:subject
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ladybirds |
dc:subject
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carabid beetles |
dc:subject
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parasitoids |
dc:description
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En réponse aux pertes de biodiversité et à une insécurité alimentaire croissante, l’agriculture moderne doit se tourner vers une gestion plus durable des paysages agricoles. L’Agriculture Biologique (AB) est considérée comme une solution prometteuse à ces enjeux. En effet, ses pratiques agricoles étant globalement plus favorables aux ennemis naturels de ravageurs que celles de l’Agriculture Conventionnelle (AC), elle pourrait permettre de remplacer l'utilisation des pesticides par celle du contrôle biologique. Cependant, les études évaluant ces effets restent contradictoires, probablement car elles ne tiennent pas compte de la diversité des pratiques réalisées en AB et en AC. A plus large échelle, les pratiques ont par ailleurs rarement été considérées dans la description de l’hétérogénéité paysagère, bien que la nature et l’organisation spatiale de la matrice agricole soit susceptible d’affecter les espèces qui y vivent. L’objectif de ce travail de thèse est d’évaluer les effets de la diversité et de l’organisation spatiale des pratiques en AB et en AC sur les insectes auxiliaires, à l’échelle de la parcelle et du paysage. Un travail de terrain a été réalisé en 2012 et 2013 en Ille et Vilaine. Quarante paires de parcelles de blé d’hiver en AB et en AC ont été sélectionnées, réparties le long d’un gradient paysager de surfaces en AB. Dans chaque parcelle, les communautés d'ennemis naturels de pucerons (coccinelles, carabes, parasitoïdes) ont été échantillonnées. Des enquêtes ont permis de caractériser les pratiques agricoles réalisées par les agriculteurs dans les parcelles suivies et dans leur environnement paysager. Nous avons mis en évidence l’existence d’une large diversité de pratiques agricoles dans les systèmes en AB et en AC. A l’échelle parcellaire, les effets des pratiques sur la diversité des insectes auxiliaires sont forts, les systèmes en AB leur étant globalement plus favorables. Considérer un niveau plus fin de description des pratiques nous a permis d’identifier celles qui affectent réellement les insectes et de montrer qu’il est possible de favoriser leur présence, quel que soit le mode de production. A l’échelle du paysage, nous n’avons mis en évidence aucun effet de l’étendue et de l’organisation de l’AB sur les ennemis naturels. Une description plus fine des pratiques nous a malgré tout permis de souligner l’importance de certaines stratégies de pratiques, à certaines échelles. A partir de ces résultats, nous proposons des pistes pour l’aménagement des paysages agricoles. Les problèmes méthodologiques liés à la description des pratiques agricoles à l’échelle du paysage sont également discutés. |
dc:description
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Due to the loss of biodiversity and increasing food insecurity, modern agriculture must evolve toward a more sustainable management of agricultural landscapes. Organic Farming (OF) is considered as a promising solution to meet this challenge. Organic practices are indeed generally more favorable to pest natural enemies than Conventional Farming (CF), suggesting that pesticides could be replaced by biological control. However, studies evaluating these effects are contradictory, probably because they do not consider the diversity of practices implemented in OF and CF. On a broader scale, practices have rarely been considered in the description of landscape heterogeneity, although the nature and configuration of farmland must affect species. The target of this PhD work is to evaluate the effects of the diversity and spatial organization of organic and conventional farming practices on insect natural enemies, at field and landscape scales. A fieldwork was conducted in 2012 and 2013 in Brittany. Forty pairs of organic and conventional winter wheat fields were selected, distributed along a landscape gradient of OF area. In each field, aphid natural enemies (ladybirds, carabid beetles, parasitoids) were sampled. We interviewed farmers to characterize farming practices implemented in fields and their surrounding landscape. We observed a wide diversity of farming practices in OF and CF. At field scale, effects of practices on the diversity of natural enemies were strong, OF being overall more favorable. Considering a finer description of practices allowed us identifying those really affecting insects, and showing they can be enhanced regardless of the farming type. At landscape scale, we found no effect of the OF area and configuration on natural enemies. With a more detailed description of practices, we however highlighted the importance of some farming strategies, at some scales. Based on these results, we open up avenues to manage agricultural landscapes. Methodological issues related to the description of farming practices on large areas are also discussed. |
dc:type
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Electronic Thesis or Dissertation |
dc:type
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Text |
dc:language
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fr |
dc:identifier
|
https://ecm.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversions/b2c8d7d7-3afd-44bc-a419-0291d300560d
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dc:creator
|
Puech, Camille |
dc:date
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2014-12-15 |
dc:contributor
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Université de Rennes 1 |
dc:contributor
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Baudry, Jacques |
dc:contributor
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Aviron, Stéphanie |
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dc:title
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Architecture génétique du rendement et de ses composantes chez le colza d’hiver (Brassica napus L.) cultivé sous contrainte azotée |
dc:title
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Genetic architecture of seed yield and its components in winter oilseed rape (Brassica napus L.) grown under limiting nitrogen condition |
dc:subject
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colza |
dc:subject
|
rendement en graines |
dc:subject
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contrainte azotée |
dc:subject
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génétique quantitative |
dc:subject
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génomique |
dc:subject
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rapeseed |
dc:subject
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seed yield |
dc:subject
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nitrogen constraint |
dc:subject
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quantitative genetics |
dc:subject
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genomics |
dc:description
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L'augmentation de la production d'huile de colza (Brassica napus L.) pour répondre à la demande alimentaire et industrielle exige d'optimiser le rendement dans un contexte de réduction des intrants, notamment azotés. Les approches de génétique offrent une voie pour répondre à ces enjeux. En effet, la connaissance des régions génomiques (QTLs) et des mécanismes qui contrôlent l'élaboration des composantes du rendement sous contrainte azotée est un prérequis à la création variétale. Dans ce contexte, les questions de recherche posées dans cette thèse sont les suivantes: i) quelle est l'architecture génétique du rendement en huile chez le colza cultivé en bas intrants azotés?, ii) quelles sont les interactions des QTLs avec l'environnement et plus particulièrement avec l'intensité du stress azoté?, et iii) comment la combinaison de données agronomiques, génétiques et génomiques peut-elle contribuer à l'amélioration de caractères d'intérêt chez le colza? Une stratégie de détection de QTLs par analyse de liaison et analyse d'association a été mise en place sur deux populations biparentales et un panel de colzas d'hiver. Ces populations ont été expérimentées sur sept lieux et six années de culture (2009-2014) en condition de nutrition azotée limitante ou suffisante. Pour chaque essai, sept caractères phénotypiques relatifs à l'élaboration du rendement ont été mesurés. Peu d'interactions génotype × azote ont été détectées sur les caractères étudiés et un nombre important de QTLs a été retrouvé dans les deux conditions azotées. A l'inverse, de fortes interactions génotype × environnement ont été mises en évidence pour la majorité des caractères et les QTLs étaient pour la plupart spécifiques d'un lieu de culture. Dix régions génomiques d'importance, stables entre environnement et populations ont ainsi été identifiés et leur organisation structurale dans le génome du colza a été analysée. Le contrôle génétique de la teneur en huile des graines de colza a ensuite été étudié en combinant à la fois les informations de dix études indépendantes, les informations procurées par la récente publication du génome de B. napus et la recherche de variabilité haplotypique dans une région d'intérêt identifiée sur le chromosome A1 dans une population de colzas d'hiver. |
dc:description
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The increase of rapeseed (Brassica napus L.) oil production to answer the demand for human consumption and industrial applications requires the optimisation of seed yield in a context of reduction of inputs, including the nitrogen fertilization. Genetic approaches are a way to respond to this challenge. Indeed, determining the genomic regions (QTLs) and mechanisms controlling seed yield components under nitrogen limitation is a prerequisite for plant breeding programs. In this context, the scientific questions raised in this thesis are: i) what is the genetic architecture of seed yield components in rapeseed grown under limiting nitrogen condition? ii) how do the QTLs interact with the environment, and especially with the nitrogen stress?, and iii) how the combination of agronomic, genetic and genomic information can lead to the improvement of traits of interest in rapeseed? A strategy of QTL detection by linkage and linkage disequilibrium analyses was set up on two biparental populations and a winter oilseed rape diversity set. Those populations were trialled in seven location and six growing seasons (2009-2014) under low and sufficient nitrogen conditions. For each trial, seven seed yield-related traits were acquired. Few genotype × nitrogen condition interactions were detected and an important number of QTLs were common to the two nitrogen regimes. On the contrary, strong genotype × environment interactions were evidenced for most of the traits under study and the majority of the QTLs were location-specific. Ten critical genomic regions for yield associated traits stable through the environments and populations were identified and their structural organization in the rapeseed genome was investigated. The genetic control of oil content was then studied by combining the information from ten independent reports, the genomic information provided by the recent release of the B. napus genome and the haplotype variations among a winter oilseed rape population within one particular region identified on the A1 chromosome. |
dc:type
|
Electronic Thesis or Dissertation |
dc:type
|
Text |
dc:language
|
en |
dc:identifier
|
https://ecm.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversions/12d96bbc-7b3a-44fc-abe1-e7dd37217e4a
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dc:creator
|
Bouchet, Anne-Sophie |
dc:date
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2015-11-24 |
dc:contributor
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Université de Rennes 1 |
dc:contributor
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Renard, Michel |
dc:contributor
|
Nesi, Nathalie |
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dc:title
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État hydrique des tissus végétaux mesuré par IRM |
dc:title
|
Water status in plant tissues measured by MRI |
dc:subject
|
IRM |
dc:subject
|
Relaxation |
dc:subject
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T2 multi-exponentiels |
dc:subject
|
Echanges chimiques |
dc:subject
|
Diffusion |
dc:subject
|
Fruits |
dc:subject
|
MRI |
dc:subject
|
Relaxation |
dc:subject
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Multi-exponential T2 |
dc:subject
|
Chemical exchanges |
dc:subject
|
Diffusion |
dc:subject
|
Fruits |
dc:description
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L'objectif de cette thèse était d’améliorer la compréhension des mécanismes impliqués dans la relaxation de tissus végétaux en prenant en compte la composition du contenu cellulaire et la microstructure des tissus. L'effet de la température, du pH et de la teneur en soluté sur les temps de relaxation T2 ont été décrits dans le cas de solutions de sucres simples, en première approximation du contenu vacuolaire de fruits charnus. Cela a permis de mettre en évidence, l'impact non négligeable des effets des échanges chimiques sur la relaxation à 1,5T dans des conditions d'imagerie. Par la suite, les effets combinés des échanges chimiques et de la structure compartimentée sur les paramètres de relaxation des tissus végétaux ont été étudiés en prenant la tomate comme modèle de fruit charnu. Dans le cadre de cette étude, nous nous sommes intéressés aux changements induits par des variations de température dans de gammes de températures où l'intégrité cellulaire est maintenue, la taille des compartiments et la concentration vacuolaire étant supposée constantes au cours de ce processus. Enfin, l'influence de la taille des cellules ainsi que de la teneur en eau a été abordée grâce à l'étude de l'impact de la déshydratation sur des tissus de tomate. Ce travail a permis d'estimer la sensibilité des paramètres de relaxation au cours de ces différents processus, permettant ainsi de proposer une interprétation des variations de T2 observées, prenant en compte les divers mécanismes impliqués. |
dc:description
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The main objective of this PhD thesis was to improve the understanding of the mechanisms involved in the relaxation of plant tissues by taking into account the composition of cell content and tissue microstructure. The effect of temperature, pH and solute content on T2 relaxation times has been described in the case
of solutions of simple sugars, as a first approximation of the vacuolar content of fleshy fruits. This made it possible to highlight the non-negligible impact of the effects of chemical exchanges on relaxation at 1.5T under imaging conditions. Subsequently, the combined effects of chemical exchange and compartmental structure on the relaxation parameters of plant tissues were studied using the tomato as a model of fleshy fruit. In the framework of this study, we were interested in the changes induced by temperature variations in temperature ranges where cellular integrity is maintained, the size of the compartments and the vacuolar concentration being assumed constant during this process. Finally, the influence of cell size as well as water content was addressed through the study of the impact of dehydration on tomato tissues. This work made it possible to estimate the sensitivity of the relaxation parameters during these different processes, thus making it possible to propose an interpretation of the T2 variations observed, taking into account the various mechanisms involved. |
dc:type
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Electronic Thesis or Dissertation |
dc:type
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Text |
dc:language
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fr |
dc:identifier
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https://ged.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversions/3173ec7f-7f55-4104-93f8-a4b3321ef741
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dc:creator
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Leforestier, Rodolphe |
dc:date
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2021-04-23 |
dc:contributor
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Universite de Rennes 1 |
dc:contributor
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Musse, Maja |
dc:contributor
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Mariette, François |
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